1）冷冻干燥机必须使用独立电源插座有良好接地。
2）冷冻干燥机须在环境温度在5-30℃下工作，这样有利于延长压缩机寿命，压机长期在30℃以上会造成压缩机损坏。
3）制冷系统二次启动，须在3分钟之后，这样有利于压机寿命
4） 如果托盘及外挂冻干瓶同时使用，先放托盘物料，待半小时后制冷温度为-50℃或-80℃、压力为30mTorr时再外挂冻干瓶，以免使挂瓶物料融化
5）物料必须冻实，预冻温度在-30℃以下，冻干样品非水溶解物（如有机溶解物）或者为80％以上高浓度的糖类等不易结冻的样品，须在-80℃以下的预冻室内预冻，预冻时间不小于24小时，在48小时以上。
6）有机玻璃冻干仓取下时，必须轻放在橡胶等柔软物体上，以免有机玻璃受损而漏真空
7）所放物料的多少与环境温度的高低有关，冷阱温度在-55℃至-40℃或-85℃至-80℃及真空度在5-100mTorr均为正常。
8） 空气回填时，请将通入真空回填气体压力调至0.5Kg以下。
9） 冷冻干燥机距墙面距离≥30cm。
10）禁止将其他散热设备放在冷冻干燥机附近，造成制冷系统无法散热，致使仪器不能工作及压缩机损坏。
11）设备放置平稳后，将脚轮固定器按下。
12）操作前观察真空泵油位及油质。
13）抽真将排水管堵上，适配器系统全部关闭，否则会造成真空泵损坏。
14）压缩机及冷凝器翅片定期除尘。